Historie ústavu se začala psát v roce 1960, kdy vznikla samostatná Fakulta stavební sloučením tehdejší Fakulty architektury a pozemního stavitelství (FAPS) s Fakultou inženýrského stavitelství (FIS). V rámci vytvořeného prostoru byla ustanovena Katedra ekonomiky, jejímž vedoucím se posléze stal profesor Ing. arch. Miloslav Tejc. Odbornou náplní výuky a vědeckého zájmu byla úseková ekonomika v tehdejším pojetí, přínosné bylo zejména vymezení pozice ekonomických disciplín v rámci vzdělávání stavebních inženýrů.
V roce 1969 byla tato katedra spojena s katedrou výroby staveb a vznikla Katedra ekonomiky a organizace výroby staveb. Vedoucím byl jmenován prof. Ing. arch. Dr. František Korvas, CSc., který svou činností usměrňoval náplň pedagogického a vědecko-výzkumného působení. Kromě ekonomických disciplín byly plně rozvíjeny v této době přípustné metody řízení a organizování stavební výroby. Zájem byl zejména o časoprostorové zobrazování a modelaci stavební činnosti. Katedra posléze, s ohledem na hlavní náplň činnosti, změnila název na Katedru ekonomiky a technologie staveb.
Problémy ve stavební výrobě, která stále pokulhávala za světovými trendy, donutily tehdejší vládnoucí složky hledat rezervy i v organizování a řízení stavební výroby na všech úrovních. Proto vznikl v roce 1980 samostatný studijní obor Ekonomika a řízení stavebnictví (E) . Garantující katedrou oboru E byla samostatná Katedra ekonomiky a řízení stavebnictví. Vedoucím Katedry ekonomiky a řízení byl jmenován doc. Ing. Jan Křižák, CSc.
Rok 1989 a zejména rok 1990 se zásadně projevil v zaměření i vědecko-pedagogickém působení katedry. Katedra byla částečně reorganizována, vznikly odborné sekce a novým vedoucím se stal doc. Ing. Bohumil Puchýř, CSc.
V roce 1991 byl změněn název z katedry na Ústav stavební ekonomiky a řízení . Ústav zásadně a rychle přepracoval studijní plány svého oboru, byly připraveny nové předměty, kurzy, obsahy i osnovy. Změna obsahu vědecko-pedagogické činnosti byla natolik rychlá, že již během jednoho akademického roku byly upraveny obsahy přednášených předmětů. Do roku 1995 byl obměněn pracovní tým z 90 %.
V letech 1996 až 2004 se obor intenzivně rozvíjel. Vznikla nová zaměření, a to Ekonomika a řízení výstavby – VYS a Ekonomika a řízení výstavby ve veřejné správě – VES. Posledně jmenované zaměření reaguje na potřeby odborníků pracujících v investičních odborech a v odborech výstavby na různých úrovních ve veřejné správě. Absolventům zaměření VES je od roku 2002 vzdělání uznáváno jako požadovaná kvalifikace vedoucích pracovníků ve veřejné správě. V roce 2000 byl doc. Ing. Bohumil Puchýř, CSc. jmenován proděkanem Fakulty stavební. Vedoucí ústavu se stala doc. Ing. Leonora Marková, Ph.D. V tomto období se začala intenzívně rozvíjet výzkumná a vývojová činnost ústavu. Výsledky této činnosti jsou publikovány na konferencích v ČR a v zahraničí. V roce 2003 bylo pod vedením doc. Ing. Leonory Markové, Ph.D. a vedoucí oboru doc. Ing. Aleny Tiché, Ph.D. připraveno strukturované studium. V roce 2004 byl na základě rozhodnutí Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy České republiky akreditován bakalářský, magisterský a doktorský studijní program v oboru Management stavebnictví , který je nástupcem oboru Ekonomika a řízení stavebnictví.
V roce 2009 převzala vedení velmi dynamicky se rozvíjejícího ústavu doc. Ing. Jana Korytárová, Ph.D. Ústav musí v současné době aktivně reagovat na měnící se požadavky kladené na vysokoškolská pracoviště, kromě pedagogické činnosti je kladen velký důraz na rozvoj činnosti vědecko-výzkumné. Velmi důležitou složkou aktivit je také spolupráce s praxí, která se odehrává jak vstupem odborníků z praxe do pedagogického procesu tak i v oblasti společného řešení vědecko-výzkumných projektů a aktuálních problémů v širokém spektru témat managementu stavebnictví.
Současná pedagogická a vzdělávací činnost ústavu je zaměřena jednak na výuku předmětů ve 4letém bakalářském studiu Stavební inženýrství a 3letém bakalářském studiu Stavitelství, v navazujícím 1,5letém magisterském studiu Stavební inženýrství v oboru Management stavebnictví. Ústav je také školícím pracovištěm doktorského studia v oboru Management stavebnictví. Všechny stupně studia probíhají v prezenční i kombinované formě. V rámci studijních programů Fakulty stavební ústav zajišťuje také výuku vybraných odborných předmětů z managementu stavebnictví i na ostatních oborech fakulty v českém i anglickém jazyce.
V rámci celoživotního vzdělávání ústav zajišťuje krátkodobé specializované kurzy a vícesemestrální specializované studium v oblastech teorie řízení, marketingu, financování a účetnictví, podnikové ekonomiky, kalkulací, nákladů a tvorby cen, ekonomiky investic, ekonomiky práce a projektového řízení staveb.
Pracovníci ústavu jsou vyhledáváni odbornou veřejností pro zpracování odborných posouzení, expertních posudků a studií, ale také soudy nebo policií České republiky pro zpracování znaleckých posudků a expertíz.
Ústav je rovněž odborným informačním místem, poskytuje poradenskou a konzultační činnost v oboru Management stavebnictví zejména v oblastech finančního poradenství, hodnocení ekonomické efektivnosti investic, analýzy a řízení nákladů, vyhodnocení výběrových řízení, expertních a znaleckých posudků, oceňování a rozpočtování ve stavebnictví.